Omicron produit une vague de peurs et de paniques. Que savons-nous actuellement ?

 Omicron produit une vague de peurs et de paniques. Que savons-nous actuellement ?

 

 1) La situation s’avère critique, avec une cinquième vague causée par un rebond du variant Delta et la menace du nouveau variant Omicron qui nous projette dans l’inconnu. L’impression de ne pas sortir du tunnel, ou alors d’entrer dans un second tunnel, sorte de retour à la case départ, comme en mars 2020, comme si un nouveau virus était apparu, avec une carte de visite inédite, 30 modifications sur Spike. Trois inconnues sont déterminantes pour l’émergence d’une nouvelle épidémie Omicron ; la contagiosité ; la gravité clinique ; l’échappement immunitaire.

 

 2) Ces trois inconnues vont se préciser de semaine en semaine et devenir des paramètres de l’épidémie d’ici deux à trois mois. Tout dépendra de la rapidité de propagation de ce nouveau variant. Deux paramètres sont accessibles avec des modélisations in silico dont on connaît l’intérêt mais aussi les limites. Le professeur Jacques Fantini n’a pas hésité à sacrifier le WE du 27 novembre pour faire tourner ses machines et livrer le 28 au soir le verdict sur la protéine Spike. Son modèle permet de calculer un T index en étudiant l’accroche de Spike au récepteur ACE2. Le Delta avait un T de 10, soit 5 fois plus que le T évalué à 2 pour le virus historique de Wuhan. Le calcul pour l’Omicron donne un T égal à 4, soit une possibilité de transmission intermédiaire entre le Wuhan-19 et le Delta. D’après Fantini, les plus de 10 mutations, dont 4 sont des acides aminés basiques, dans le domaine de liaison, semblent se neutraliser (G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493K, G496S, Q498R, N501Y, Y505H). Pour info, l’efficacité accrue du Delta ne repose sur deux substitutions dans le RBD, L452R et T478K. D’après Fantini, cette accumulation de mutations semble erratique, n’ayant aucune logique, d’autant plus que quelques-unes se neutralisent, perdant leur efficacité. Le nombre très élevé de mutations semble indiquer une émergence de ce variant chez un patient immunodéprimé qui l’aurait fabriqué. La version qui court fait le lien entre l’émergence de ce variant et la prévalence élevée de patients infectés par le VIH et pas toujours suivis, en Afrique du Sud. Une autre possibilité serait une transmission du virus chez un animal, assortie d’une mutation, puis une infection zoonotique. Ce n’est pas l’hypothèse privilégié mais comme l’indique l’adage, aucune hypothèse ne peut être exclue.

 

 3) Même si l’index T penche en faveur d’une transmission réduite, aucune possibilité ne peut être exclue pour ce variant Omicron qui reste un coronavirus avec des secrets de fabrication bien cachés. En ce cas, quelle serait la protection générée par le vaccin ? Fantini a noté deux choses, une perturbation de l’épitope facilitant ADE ce qui est une bonne nouvelle. En revanche, l’accumulation de mutations dans le NTD laisse présager une diminution de l’efficacité des anticorps neutralisants. Seules les études in vitro en cours permettront d’évaluer l’efficacité de l’immunité vaccinale. D’ici quelques jours, une bonne ou mauvaise nouvelle devrait être annoncée et la bourse pourrait s’enrhumer avec une baisse conséquente. Les premières observations en Afrique du Sud indiquent que le variant Omicron infecterait les patients ayant développé un Covid et donc que l’immunité naturelle ne serait pas protectrice. Ce qui est une conclusion simpliste car en cas d’infection, l’essentiel reste tout de même le développement des signes cliniques. Une réinfection SARS-CoV par l’Omicron pourrait générer un simple rhume. Il faudra suivre de près les symptômes de patients primo-infectés rapportés à ceux de patients ayant eu par le passé le Covid. Quelques observations préliminaires sur des patients peu âgés semblent indiquer un tableau clinique différent, avec fièvre, mal de gorge et grosse fatigue. Il faudra attendre un bon mois pour avoir une idée précise des effets cliniques produit par ce virus.

 

 4) La suite est assez prévisible. Comme ce fut le cas pour la vague du variant alpha ayant touché le Royaume-Uni deux mois avant les autres pays, la vague Omicron sera suivie en Afrique du Sud, avec un scénario pouvant être reproduit avec un déphasage en Europe, dans le monde sans doute, et des nuances pour chaque pays. Tous les scénarios sont sur la table, avec une possible sixième vague se superposant à la campagne présidentielle, ce qui n’est pas un bon présage pour la démocratie.

 

 Omicron : l’analyse moléculaire du Pr. Jacques Fantini

 28 novembre 2021 - 21:23 par Infodujour

 https://infodujour.fr/societe/54389-omicron-lanalyse-moleculaire-de-jacques-fantini