Omicron ; nouvelle souche et nouvelle pandémie de Covid-21 ?

 

 1) Le virus Omicron, variant ou nouvelle souche du SARS-CoV-2, a jeté un trouble sans précédent depuis la première vague ayant émergé en février 2020 avec la souche historique de Wuhan. Ce trouble s’est propagé principalement dans les pays dit occidentaux, Amérique et Europe, ainsi que quelques pays périphériques, Maroc ou Israël pour n’en citer que deux. Les populations sont quelque peu inquiètes et se demandant pas tant ce qu’il faut faire que quand ce cauchemar va-t-il cesser ? Dire que le virus circulera dix ou vingt ans n’apporte aucun élément utile si l’on ne dit pas quel virus circule, à quel niveau et son agressivité. Lorsqu’un nouveau virus respiratoire émerge, une phase divergente se produit puis une pandémie durable s’installe et souvent, la pandémie cesse au bout de deux ans. Lors de l’automne 1889, une épidémie a déferlé depuis la Russie, faisant plusieurs vagues, jusqu’en 1894, avec un million de morts. Un virus grippal fut pressenti mais récemment, l’hypothèse d’un coronavirus de type OC43 a été proposée. Les pandémies grippales de 1918, 1957 et 1968 ont duré quelque deux années avant que le virus ne devienne endémique et moins agressif. Rien ne dit que cette règle empirique des deux années ne s’applique pas encore au SARS-CoV de 2019 mais tous l’espèrent et comptent sur l’énigmatique Omicron pour signer la fin de la partie. Alors que pour l’instant, c’est une nouvelle partie qui a commencé et le sentiment d’être revenu à la case départ, comme début mars 2020, lorsque les jauges furent installées dans un premier temps avant le confinement du 17 mars.

 

 2) Le virus ou variant Omicron est moins agressif, moins létal, très contagieux, laissant augurer une circulation intense mais assez brève, même avec les barrières sociales. Une immunité naturelle massive est une option à étudier. L’hypothèse d’un effacement progressif de l’épidémie est plausible, sans fixer de date, ou du moins en suggérant une fourchette allant de la mi-février au début du printemps. Ce scénario optimiste suppose un affaiblissement viral lié au nouveau variant. En revanche, on ne peut évacuer la thèse d’un nouveau virus ou du moins, d’une nouvelle souche. Cette position est justifiée par le nombre très élevé de modifications sur la protéine Spike (observées sur les premiers Omicron isolé au Botswana et en AdS), quelque 32, alors qu’un variant historique comme les 20A, B, C, D, E, puis alpha, gamma, mu, delta, ne contient qu’une dizaines de modifications. De plus, Omicron contient plus de 10 substitutions sur le domaine RBD qui se lie au récepteur, contre 2 à 3 pour les autres variants. La typologie des virus est utile si elle est en correspondance avec une situation réelle de propagation virale assortie de données cliniques et immunologiques. En première analyse, si Omicron est une souche et non pas un variant, alors la pandémie causée pourrait avoir des caractères permettant de démarquer cette nouvelle pandémie de celle causée par le virus de Wuhan et ses variants. Cela signifie que l’on reviendrait à la case départ comme en janvier 2020 sauf qu’une immunité massive, artificielle ou naturelle, offre une protection partielle contre Omicron.

 Les dernières observations publiées par quelque 50 chercheurs dans Nature précisent un chiffre de 37 substitutions sur Spike, dont 15 figurent sur le RBD (Cameroni, 2021). Cette petite différence, relevée par rapport au virus Omicron détecté en novembre 2021 en Afrique australe, est cohérente avec la présence de trois clades Omicron enregistrés dans la banque Gisaid et désignés 21K, 21M, 21L. Ce variant ou souche Omicron mute rapidement et d’ailleurs, les 37 mutations indiquent une anomalie, une disruption évolutive dans longue série des mutations graduelles ayant produit les variants, avec un rythme constant de deux nucléotides modifiés chaque mois. Enfin, les analyses notent une affinité conséquente du RBD pour le récepteur ACE2, ce qui explique (mais seulement en partie) la contagiosité élevée de la souche Omicron dont on a aussi observé un échappement immunitaire de grande amplitude ce qui signale un saut antigénique important. Les dizaines de scientifiques ayant étudié cette souche confirment l’existence d’un saut antigénique d’une amplitude que l’on n’a jamais observée dans toute la série des mutants du SARS-CoV-2 (Cameroni).

 Les auteurs de cette étude n’hésitent pas à comparer l’apparition brutale de ces mutations aux mécanismes de réassortiment génétique responsables de l’apparition de nouvelles souches grippales. Sauf que le mécanisme impliqué dans un coronavirus est la recombinaison. L’origine du Omicron reste hypothétique, soit une transformation dans des patients immuno-déficients, soit un aller-retour dans une espèce intermédiaire, un rongeur plus précisément (ce phénomène a été observé chez les visons, de la famille des caniformes). Tous ces indices penchent en faveur de l’hypothèse d’une nouvelle souche (dans la famille des sarbecovirus) Avec comme conséquences probables deux phénomènes de grande importance. D’abord les signes cliniques qui sont les premiers à caractériser une pandémie (de gens malades) ; ensuite, un changement dans la réponse immunitaire. N’oublions pas que les virus sont fabriqués par les patients infectés et que l’immunité intervient dans cette production industrielle de virions.

 

 3) La présence de souches multiples issues d’un même coronavirus est un phénomène peu connu mais qui a été observé. Une étude belge (Vijgen, 2005) a observé la présence de deux souches différenciée du virus H-CoV-OC43, détectées en 2003 et 2004, juste après la diffusion éphémère mais remarquée du SARS-CoV qui occasionna des pneumonies et quelque 800 décès. Le coronavirus OC43 a été détecté sous deux formes dont la similitude génétique était plus faible que prévu, avec notamment un grand nombre de variations analysées sur la protéine spicule S, ce qui n’a rien d’étonnant puisque cette protéine signe en général le tropisme viral et le réservoir animal qui héberge le virus. Les deux souches BE03 et BE04 confirment la variabilité génétique du virus OC43 et plus généralement des autres coronavirus, ainsi que la présence du code furine déterminant le clivage S1/S2 ; ce code étant constitué d’une succession d’acides aminés basiques, RRXRR, à l’instar du code PRRAR noté sur le SARS-CoV-2 et devenu KSHRRAR sur la souche Omicron. L’existence de deux souches sur SARS-CoV-2 ne serait pas sans précédent.

 

 4) Observations cliniques. La nouvelle souche Omicron produit une réplique distincte de la pandémie causées par les variants du SARS-CoV-2 et ne transgresse pas la règle du polymorphisme clinique spécifiant la diversité de la gravité et des symptômes affectant les patients. Une étude précise montrerait que les types cliniques sont au nombre de dix, voire plus. Malgré un spectre clinique étendu, les recensions obtenues auprès des patients indiquent un virage clinique traduisant l’émergence d’une pandémie Omicron aux effets plus ou moins démarqués de la pandémie de Covid-19 issue de Wuhan. Les journaux britanniques mentionnent la multiplication d’affections comparables à un mauvais rhume, alertant sur la possibilité de confondre un rhume classique causé par les virus historiques et un rhume causé par Omicron, même si ce rhume semble être atypique car pour nombre de patients, la fatigue est intense et les maux de têtes accentués, sans oublier les douleurs musculaires et pour certains, des sueurs nocturnes suggérant l’activation des défenses immunitaires. Bref, c’est un rhume mais atypique. En revanche, l’agueusie et l’anosmie sont minoritaires, contrairement à ce qui est observé dans le Covid-19 historique. Par ailleurs, comme ses prédécesseurs, Omicron infecte une proportion de patients ne développant pas ou peu de signes et désignés comme asymptomatiques. Il s’agit bien d’une nouvelle pandémie aux symptômes diversifiés mais spécifiques à la souche Omicron dont le tropisme s’est infléchi puisque l’épithélium olfactif est moins affecté, tout comme les voies respiratoires inférieures. En revanche, cette souche est assez offensive sur les voies supérieures, ce qui contribue à sa contagiosité (en complément, voir plus bas les extraits du Gardian). Enfin, le tropisme du virus Omicron indique une affection accrue des enfants mais sans gravité particulière le plus souvent et un signalement d’éruptions cutanées. Les données cliniques sur les très jeunes indique une parenté clinique avec les effets du corona NL-63 apparu après 2003 et responsable d’affections respiratoires supérieures et inférieures chez les enfants.

 

 5) La pandémie causée par Omicron n’a pas encore de signature épidémiologique. Elle doit être cependant surveillée car elle avance rapidement. Des études ont établi que la souche Omicron n’est pas correctement freinée par les anticorps générés par les « vaccins à ARN ». D’autres observations semblent indiquer le contraire et l’on comprend que ce sujet est sensible du point de vue politique. D’aucuns pensent que la troisième puis stoppera la progression de cette souche alors que d’autres scientifiques mettent en question cette vaccination pour freiner le virus Omicron, du reste placé en ligne de mire pour les laboratoires qui réfléchissent, avec les autorités, à un second vaccin. Enfin, le shift antigénique de grande ampleur serait cohérent avec le constat d’une sensibilité réduite des tests antigéniques face à la souche Omicron, ce qui confirme les changements de grande ampleur sur les épitopes S. Autre élément acquis, l’immunité ascendante produite par l’infection Omicron qui serait immunisante contre les variants précédents et notamment le Delta, ce qui est avantageux du point de vue sanitaire. L’autre point positif réside dans la diffusion du Omicron qui pourrait devenir la souche dominante et participer à l’effacement progressifs des variants du SARS-CoV-2, sous réserve que d’autres mutations n’apparaissent et qu’il n’y ait pas de recombinaisons entre les variants historiques et le Omicron. Avec ces deux souches, tout reste envisageable. Nul ne sait comment le virus Omicron pourrait varier. Une chose est certaine, ce sont les sujets infectés qui produisent les variants et cette fabrication ne peut être dissociée du fonctionnement immunitaire, qu’il soit externalisé avec les cellules compétentes ou internalisé, en jouant par des multiples régulations mobilisant des dizaines de signaux et de gènes, notamment l’interféron et les système de bascule type JAK/STAT ou Gas-Sting.

 

 6) Perspectives et stratégies. Les contaminations par la souche Omicron vont atteindre un pic élevé, puis redescendre. C’est ce qui est attendu pour le premier de l’an 2022. Ensuite, une décroissance se produira. Il est impossible de dire si le virus va s’effacer ou bien circuler à un niveau modeste alors que l’immunité naturelle de masse se précise. La vaccination de masse ne présente pas d’intérêt, elle est même inutile et néfaste pour les enfants. Le bénéfice à court terme n’est pas mis en balance avec des effets imprévisibles à long terme. Les autorités et les médias s’agitent pour régler sur le champ un problème qui n’est pas résolu, sans élaborer de stratégie de santé publique et d’anticipation pour les années à venir. Le scénario le plus favorable combine une immunité de masse croissante et une moindre agressivité de la souche Omicron pouvant devenir endémique tout en causant un nombre modéré de décès liés aux formes graves. En ce cas, le traitement préventif avec les vaccins (des pseudo-vaccins pour certains) est recommandé pour les personnes à risque. Bref, ce traitement est devrait être calqué sur une simple vaccination grippale, administrée aux personnes « fragiles ».

 

 7) Les observations récentes montrent que la souche Omicron est à l’origine d’une nouvelle pandémie. Quatre critères démarquent cette souche des variants SARS-CoV-2.

 i) Une protéine S transformée avec plus de 35 modifications, l’une portant sur le code furine, déterminant dans la transmission des virus respiratoires

 ii) Une immunité modifiée de manière importante, indiquant une interférence différente avec les tissus infectés

 iii) Un tropisme modifié, privilégiant les voies aériennes supérieures et les bronches

 iv) Un tableau clinique différent, fait de cas asymptomatiques, d’états grippaux et rhumes atypiques avec moins de pneumonies et de formes critiques conduisant en réanimation.

 

 8) Le débat de société doit être engagé car s’il est probable que le virus Omicron s’efface cet été 2022. Il pourrait revenir l’automne prochain, avec ou sans variants, et causer une septième vague. Ce scénario pessimiste pourrait conduire les politiques vers un acharnement vaccinal, vers le maintien des mesures d’exception et du passe vaccinal, avec le danger de faire muter les sociétés vers des régimes sanitaires autoritaires, pour ne pas dire totalitaires. Dès maintenant, il faut réfléchir à la sortie de cette crise en remarquant que plus on maintien dans la durée cette folie de masse accentuée par le politique et les experts, plus il sera difficile d’en sortir.

 

 

Sources et données

 

 Quelques principes en immunologie clinique (selon P. Mensah) :

 

1) on ne vaccine normalement pas en pleine épidémie

2) on ne vaccine pas les rétablis

3) on y va très prudemment lorsqu'il s'agit des enfants leur immunité est différente des adultes

4) s'agissant de virus respiratoires tels que les coronavirus, on prend le temps d'observer les populations vaccinées et non vaccinées (pour peu qu'il en reste encore) pour le suivi épidémiologique et immunologiques (notamment l'évaluation de la mémoire immunitaire induite par la vaccination et l'infection)

 

Extrait du Guardian, 24 décembre

 

« Pour la plupart des gens, un cas Omicron positif ressemblera beaucoup plus à un rhume, à commencer par un mal de gorge, un écoulement nasal et un mal de tête. Il suffit de demander à un ami qui a récemment été testé positif de le découvrir », a déclaré Spector, professeur d'épidémiologie génétique au King's College de Londres, à l'agence de presse PA. Peter Openshaw, professeur de médecine expérimentale à l'Imperial College de Londres, s'exprimant à titre personnel, a déclaré qu'il y avait des preuves que le virus changeait son comportement, en termes de cellules qu'il infectait, entraînant une modification des symptômes.

 

Des données récentes, y compris une étude de Hong Kong, ont révélé qu'Omicron était moins capable d'infecter les tissus pulmonaires profonds mais plus capable d'infecter les tissus bronchiques supérieurs. "Il semble se diriger vers un virus qui infecte plus haut dans les voies respiratoires et s'adapte donc pour être plus transmissible en partie parce qu'il modifie les types de cellules qu'il infecte", a déclaré Openshaw. « Cela irait de pair avec la production de symptômes semblables à ceux du rhume. Ces études en laboratoire corroborent ce que nous dit l'application Zoe. Openshaw a déclaré qu'il serait « raisonnable » de mettre à jour la liste des symptômes de Covid : « Le semi-verrouillage a été terrible pour les rhumes, ils ont du mal à survivre. Donc, si vous avez un rhume en ce moment, il y a environ 50% de chances que ce soit en fait Covid. »

 

 

Cameroni, E. et al ; Broadly neutralizing antibodies overcome SARS-CoV-2 Omicron antigenic shift, Nature, preprint, 2021 december

https://www.nature.com/articles/d41586-021-03825-4

 

Dugué, B. Le Omicron pourrait être un nouveau virus, un SARS-CoV-3, 17 décembre 2021

https://www.agoravox.fr/actualites/technologies/article/le-omicron-pourrait-etre-un-238020

 

Vijgen, L. et al ; Circulation of genetically distinct contemporary human coronavirus OC43 strains, Virology, 2005, 337 (1) pp. 85-92

https://doi.org/10.1016/j.virol.2005.04.010