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Les estimations contemporaines de la population algérienne avant la conquête française de 1830 oscillent entre 3 et 5 millions d’habitants. La population connaîtra un recul quasiment constant durant la période de conquête jusqu’à son étiage en 1872, ne retrouvant finalement un niveau de trois millions d’habitants qu’en 1890. On peut découper cette période de l’évolution démographique algérienne en trois phases. De 1830 à 1856, sa population tombe de 3 à moins de 2,5 millions. Elle remonte ensuite jusqu’à 2,7 millions en 1861 avant de connaître sa chute la plus brutale à 2,1 millions en 1871.

La diminution observée lors de la première phase de conquête tient pour une grande part dans la violence des méthodes utilisées par l’armée française, attestée par de nombreux témoignages. De retour d’un voyage d’enquête en Algérie, Tocqueville écrit que « nous faisons la guerre de façon beaucoup plus barbare que les Arabes eux-mêmes [...] c’est quant à présent de leur côté que se situe la civilisation. » L’objectif de la « pacification » est comme le déclare le colonel de Montagnac d’« anéantir tout ce qui ne rampera à nos pieds comme des chiens ».La politique de la terre brûlée, décidée par le gouverneur général Bugeaud, a des effets dévastateurs sur les équilibres socio-économique et alimentaire du pays : « nous tirons peu de coup de fusil, nous brûlons tous les douars, tous les villages, toutes les cahutes ; l’ennemi fuit partout en emmenant ses troupeaux ». Selon Olivier Le Cour Grandmaison, la colonisation de l’Algérie se serait ainsi traduite par l’extermination du tiers de la population, dont les causes multiples (massacres, déportations, famines ou encore épidémies) seraient étroitement liées entre elle.

Après l’accalmie consécutive à la fin de la première phase de conquête, la période 1866-1872 voit à nouveau se creuser le déficit démographique algérien. En raison d’un cycle de six années où se mêlent les répressions de l’armée française, un tremblement de terre, le développement d’une épidémie de choléra et de la famine qui sévit en 1868, la population diminue de plus de 500 000 personnes. On estime que la famine de 1868 est responsable à elle seule de 300 000 à 500 000 morts.

Les déportations massives : Des tribus entières ont fait l’objet de déportations et de bannissement. Les grandes familles Maures (d’origine espagnole) de Tlemcen s’exilent en Orient (au Levant) tandis que d’autres émigrent ailleurs. Les tribus jugées trop turbulentes sont bannies et certaines se réfugient en Tunisie et au Maroc, voire en Syrie. D’autres tribus sont déportées en Nouvelle Calédonie ou en Guyane.

La crise démographique est telle que, dans une étude démographique de plus de trois cent pages sur l’Algérie, le Docteur René Ricoux, chef des travaux de la statistique démographique et médicale au bureau de statistique du gouvernement général de l’Algérie, prévoit tout simplement la disparition des « indigènes » algériens[20]. Le phénomène est interprété comme une conséquence des opérations militaires françaises mais aussi des conditions nouvelles imposées aux indigènes dont les caractéristiques les condamnent « à une lente mais inéluctable disparition ». Pour le professeur Ricoux comme pour nombre de ses contemporains des milieux scientifiques, une loi de la sélection naturelle voue les races les « plus faibles » à disparaître devant les races « supérieures ».

Les prévisions du démographe Ricoux n’advinrent jamais : une fois terminée la phase de conquête du pays, la population algérienne connut une croissance continue. La fréquence, la virulence et l’extension géographique des épidémies, reculèrent peu à peu à partir de 1880 ou 1890, avec l’installation de l’administration civile, la fin des opérations de « pacification » et des déplacement de populations, l’amélioration de l’alimentation et, après la Première Guerre mondiale, la généralisation des contrôles sanitaires ou l’amélioration progressive de l’hygiène dans les villes. Il faudra néanmoins attendre la fin des années 1940 pour les voir disparaitre de la région.

Quand les colons Français quittent l’Algérie devenue indépendante en 1962, il y a 10 millions d’indigènes. Loin d’avoir été « exterminée » (comme le suggère le titre de l’ouvrage Coloniser, exterminer), la population algérienne autochtone a en réalité doublé ou triplé durant la conquête et la colonisation française ; à titre de comparaison la situation est inverse à celle de la population amérindienne durant la conquête de l’Ouest.