Inconvénients :
Les hydroliennes créent des zones de turbulences, qui modifient la sédimentation et le courant, avec de possibles effets sur la flore et faune juste en aval de leur positionnement. Ces aspects sont analysés par les études d’impacts.
Des poissons ou mammifères marins pourraient heurter les hélices. Ces dernières peuvent néanmoins tourner très lentement (cela dépend de la résistance opposée par l’alternateur et donc du modèle d’hydrolienne). Toutefois, la première étude sur le sujet (fish Survival Study on Hydrokinetic Power Turbine) menée en 2009, par Hydro Green Energy LLC et déposée à la Federal Energy Regulatory Commission (USA), a démontré clairement la sécurité du procédé. Selon ces résultats, seulement un poisson sur 402 aurait montré des signes de blessure ; des signes peut-être plus attribuable à la mise en place du protocole qu’aux turbines elles-mêmes. Cette étude s’applique toutefois aux poissons et non aux plus gros mammifères marins.
Dans les eaux turbides, du fait de la présence de sable en suspension (pas de Calais par exemple), l’érosion des pales d’hélice ou des pièces mobiles par le sable est très forte. Ainsi l’entretien doit être très fréquent, mais il est plus difficile qu’à l’air libre puisqu’on ne peut pas l’ouvrir sans que l’eau ne pénètre à l’intérieur et n’endommage tous les systèmes (mécanique et électrique). Pour cette raison, certaines hydroliennes ont une structure émergeant de l’eau, qui peut être gênante pour la navigation. Des systèmes à ballast pourraient permettre de faire monter ou descendre les unités de production.
Pour éviter le développement des algues et organismes encroutants sur l’hydrolienne, il faut utiliser un antifouling. Cet antifouling doit être refait régulièrement, ce qui induit un coût d’entretien important (intervention en mer, ...). De plus il s’agit, par définition, de produits toxiques pour la faune et la flore marine.
Elles coûtent très cher à l’entretien et à l’installation.
Impact possibles :
Les impacts potentiels de ces capteurs sont encore mal connus, et préoccupent notamment les pêcheurs qui travaillent dans les zones d’intérêt ; selon certaines hypothèses, les turbines créeraient des zones de turbulence, empêchant les dépôts de sédiment et donc le développement de la flore, et créant ainsi à long terme une zone morte. Ces turbulences pourraient aussi remettre en suspension plus de nutriments et favoriser le plancton qui nourrit certains poissons. Les hydroliennes pourraient aussi perturber quelques animaux marins qui, trop curieux, se seraient trop approchés.
Le captage de l’énergie des courants ralentit la vitesse du fluide dans l’axe de la turbine ce qui provoque une légère accélération des courants de contournement ; ce phénomène se rencontre quand l’eau passe le long d’une roche : les poissons évitent les obstacles en suivant les lignes de plus fortes vitesses ou utilisent les contre-courants des turbulences. D’autre part, le régime de rotation du rotor est limité par la vitesse en bout de pale à cause du phénomène de cavitation. Ainsi, les grandes hydroliennes ne tourneront qu’au rythme de 10 à 20 tours par minute et leurs effets se limiteraient aux turbulences en aval de l’hydrolienne. Les sédiments ne se déposeraient pas autour de l’hydrolienne, ce qui éviterait l’envasement que connaît l’usine marémotrice de la Rance, et faciliterait l’entretien. De plus, une vitesse de rotation suffisamment faible ne perturberait pas les poissons.
Il faut aussi considérer que les sites préférentiels pour l’installation d’hydroliennes sont des sites de courants forts à très forts (plus de 3 m/s), où les conditions sont peu favorables au développement d’une faune et d’une flore sédentaire et fixée. Les cartes marines montrent que ces zones sont exclusivement composées de roches ou de gravières de gros calibre.
L’impact environnemental de l’énergie hydrolienne est actuellement étudié dans de nombreux projets de recherche et développement en Europe dans la Manche, la mer du Nord et la mer Baltique.