Les Esséniens se seraient donc séparés en plusieurs branches :
- Ceux qui n’ont pas reconnu Jésus Nazareth comme le messie (Jean l’Essénien, Simon Bar Kochba...). Ils semblent disparaître après la destruction de Jérusalem en 135.
- Ceux qui ont reconnu Jésus de Nazareth comme le Messie (Jean l’Apôtre, Simon-Pierre...) Ils se divisent à leur tour en deux :
* Ceux qui abandonnent la Loi : ils deviendront catholiques romains
* Ceux qui conservent la Loi : ils fonderont l’Islam