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@Panoramix

Vous non plus vous ne comprenez pas comment se passe le séquençage ? 

Je n’ai pas été assez clair.

Après culture, dans le surnageant les virologues découvrent des fragments, de très nombreux fragments plus ou moins longs, plus ou moins courts. Pour le SARS-COV2 ce sont des « centaines de milliers » de fragments qui ont été trouvés dans le surnageant. Ce que l’on appelle des « reads » (cherchez sur internet !). Il faudra un étape transcriptase inverse pour transformer l’ARN en ADN.

— Après le séquençage, tous les reads obtenus sont comparés à des bases de données contenant des séquences connues. Début du « raisonnement circulaire » !
— Si un read s’aligne de façon significative (forte similarité) avec une séquence de coronavirus, il est classé comme viral. Poursuite du « raisonnement circulaire » !
— S’il s’aligne mieux avec une séquence humaine ou bactérienne, il est classé comme tel et écarté pour l’assemblage du génome viral.
Mais notez bien ceci à ce point précis : ... « Avant 2007, la découverte par Valadi et al. du rôle des exosomes dans le transport de l’ARN n’était pas connue des virologues. À cette époque, lors du séquençage de surnageants de cultures virales, il était courant de considérer que tout l’ARN présent dans le surnageant provenait du virus ou de cellules lysées par l’infection. Les protocoles d’analyse bio-informatique étaient donc moins sophistiqués   : il n’y avait pas de filtrage systématique pour exclure l’ARN provenant d’exosomes ou d’autres sources non virales, tout simplement parce que leur existence et leur rôle dans le transport de l’ARN étaient ignorés »...
Et c’est seulement à partir d’environ 2010 que les virologues ont commencé à chercher des séquences humaines dans les reads pour les écarter. Mais avant, ils ne l’ont jamais fait, par ignore. Ils ont construit des génomes avec !
Et ce sont « précisément » ces génomes qui figurent dans les bases de données et sur lesquels les virologues s’appuient pour « déclarer » une séquence « virale » ou pas ! Ils perpétuent leur monumentale erreur ! Ainsi les bases de données de séquences «  virales  » utilisées par les virologues reposent en grande partie sur des génomes historiques, séquencés avant que le rôle des exosomes et la complexité du transport de l’ARN extracellulaire ne soient compris.

Par ailleurs, beaucoup de séquences dites “virales” ont des homologues directs dans les rétrovirus endogènes(HERVs) et les transcrits issus d’exosomes. Ainsi Une séquence peut ne pas être “référencée” comme humaine, tout en étant endogène et fonctionnellement transcrite.

— En rejetant rapidement toute séquence “non parfaitement humaine” et en classant comme virale toute séquence qui ressemble davantage à une séquence virale déjà acceptée, on construit un modèle autoréférentiel  : ce qui est viral est viral parce que ça ne semble pas humain ; ce qui n’est pas humain est viral, parce que notre base virale contient déjà ce genre de séquence ; donc c’est viral. Magnifique poursuite du raisonnement circulaire. Ainsi tout ce qui a été caractérisé de « viral » avant 2008 continue de l’être. La virologie est une pétition de principe.

Donc si les chercheurs trouvent une séquence comme celle-ci : AUUAAAGGUUUAUACCUUCCCAGGUAACAAACCAACCAACUUUAAUGUUUUACUUGCUUUUAAAGCUUCU AUCUUGGUUUUCUUAAAGGUAACCAACCAACUUUAAUGUUUUACUUGCUUUUAAAGCUUCUAUCUUGGUU UUCUUAAAGGUAACCAACCAACUUUAAUGUUUUACUUGCUUUUAAAGCUUCUAUCUUGG
Ils la retiennent et la machinerie bio informatique recherche des correspondances en début et en fin de chaine pour sélectionner dans les « reads » ceux qui pourront s’assembler avec ceci (appelées « zones de chevauchement). Et de courtes séquences en courtes séquences, la machinerie bio-informatique, »pas les virologues« , forment un »génome de 30.000« nucléotides environ (pour les coronavirus).

Et la bio-informatique à ses propres limites ! Même avec des outils modernes, il existe une zone grise   : certaines séquences courtes ou peu spécifiques peuvent être mal attribuées, surtout si elles sont communes à plusieurs espèces ou si elles proviennent de matériel exosomique mal caractérisé.

Comprenez Panoramix que les virologues ne font pas grand chose lors du séquençage. C’est une machine qui s’y colle. Puis c’est une autre machine qui assemble ces »reads« séquencés pour les assembler en un génome sur une base de données »présumée vraie« , mais qui est totalement fausse !

Mais comme c’est complexe, les gens s’y perdent. Et vos deux liens que je voulais examiner ne fonctionnent pas. Mais peu importe, je pense que vous n’avez aucune idée de la manière dont un »génome viral" est assemblé. C’est cela l’effet Dunning Kruger, faire croire que l’on comprend et que l’on est à des années lumière de savoir comment cela se passe. Et si vous le savez, et bien discutons-en ! Qu’en pensez-vous ?