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@pemile

Vous posez une question dont vous avez déjà la réponse. 

Pour 4 bases ARN disponibles, ACGU, un fragments de 50 bases montrera 450 possibilités.
Pour un fragment de 300 bases : 4300possibilités.

Mais même, pemile, si l’on considère de longs chevauchements, disons entre 20 et 40, ce qui est énorme, compte tenu de la présence de centaines de milliers de milliards de fragments dans le prélèvement observé, l’algorithme est certain de trouver des milliers de correspondances. Absolument certain ! C’est la loi des grands nombres ! 

Ainsi, avec des dizaines de milliers de milliards de fragments issus du séquençage Illumina, des algorithmes peuvent assembler des milliers de séquences génomiques différentes grâce à des chevauchements fiables de 20 à 40 nucléotides, ce qui est à la base des méthodes actuelles en génomique de novo !

Mais alors, me direz vous pemile, si l’algorithme peut construire autant de génomes avec de longs chevauchements, comment font les virologues pour « choisir » leur « candidat génome » parmi ces milliers d’exemplaires tous cohérents ?

Et bien, cher pemile, ils procèdent par « homologie ». Ils demandent à l’algorithme de sélectionner le génome qui aura le plus d’affinités avec un génome « déjà » connu et archivé dans les bases de données. Vous voyez comme la virologie est un raisonnement circulaire, une pétition de principe ?

... Après l’assemblage des fragments et la génération de nombreux contigs ou génomes candidats, les algorithmes comparent ces séquences aux génomes déjà connus et archivés dans des bases de données (comme GenBank, RefSeq, etc.). Cette comparaison se fait à l’aide d’outils d’alignement (BLAST, minimap2, etc.) qui mesurent l’homologie ou la similarité entre les séquences.

Le génome candidat présentant la meilleure correspondance (meilleurs scores d’identité, couverture, syntenie) avec un « génome référent connu » est alors sélectionné comme la représentation la plus plausible et fiable. 

Et vous « comprendrez », pemile, que les génomes qui servent de référence, ont été « construits » avant la découverte de la biologie des exosomes, avant 2007. Et vous comprendrez alors que ces génomes « pré-2007 » ont été construits à l’aide d’ARN provenant d’exosmoses c’est à dire à partir d’ARN cellulaire (soit des cellules humaines, soit des cellules animales de la culture, VERO ou sérum foetal bovin).

La virologie est une supercherie. Les génomes archivés, validés avec les connaissances anciennes, ne prennent pas en compte la biologie des exosomes !

Pour vous servir pemile !