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@pemile
Copié-collé : « Non, l’idée c’est de comprendre qu’une séquence de 300 bases d’un ARN viral ne peut être confondu avec aucune séquence de 300 bases d’un ARN humain ».

Vous n’avez rien compris ou vous faites l’imbécile ou les deux ?

On se moque d’une séquence de 300 bases pemile ! L’algorithme cherche à assembler deux fragments. Et pour ce faire il cherche les meilleures correspondances de fin et de début des « fragments considérés » ! Si un fragment possède une fin de 25 nucléotides, rangés d’une certaine façon, l’algorithme recherche un fragment commençant par ces 25 nucléotides (ou 28 ou 30, peu importe, il cherche les « meilleures correspondances !).

Une fois ceci fait, il cherche à accoupler un fin avec un début. Et ceci est »toujours« rendu possible devant la masse des fragments disponibles. C’est gagnant à chaque fois ! 

Vous n’avez pas l’air de comprendre et vous vous enfoncez lamentablement imaginant qu’il existe de l’ARN »viral« différent d’un autre ARN !

pemile retenez bien : l’ARN est constitué de 4 bases ! De rien d’autre ! Il n’y a pas d’ARN viral distinct d’une autre ARN !
Chez les bactéries ou chez les humains, l’ARN utilise les mêmes quatre bases, liées à un sucre ribose et un groupe phosphate. La différence entre ARN bactérien et humain ne réside donc pas dans la composition chimique des bases mais plutôt dans leur organisation, leur maturation, leurs modifications post-transcriptionnelles. 

D’ailleurs pemile si vous »aviez raison« , les virologues n’écarteraient pas »aujourd’hui« , jusqu’à 90% des »reads« (courts fragments d’ARN) présents dans le surnageant parce qu’ils présentent trop d’homologies avec le génome humain ! 
C’est par »comparaison« qu’ils écartent ces fragments (ou demande, plus exactement, à l’algorithme de le faire). En revanche, avant 2007, les virologues utilisaient »tout" l’ARN du surnageant. Et c’est bien cet ARN exosomal qui se retrouve aujourd’hui dans les génomes des virus archivés. Des génomes algorithmiques de synthèse !

Vous vous plantez royalement pemile. Passez à autre chose vous serez moins ridicule !