Signaler un abus

@pemile

Le séquençage « reads longs » est l’escroquerie « technologique » ! Parlons-en puisque vous abordez ce sujet.

D’abord les reads longs sont « toujours validés » en les alignant contre les génomes de référence (assemblés avant 2007 mais ceux-ci avec des reads courts).
Tous les génomes « confirmés » par reads longs dépendent de PCR ciblées basées sur des références ou d’alignements sur ces mêmes références lesquelles ont été assemblées avant 2007 (autres virus) ou début 2020 (SARS-CoV-2) avec des reads courts et k=21-25

Si les références sont des chimères exosomales, tous les « reads longs » ne font que reproduire ces chimères.

Les reads longs seuls échouent à assembler un génome complet. L’hybridation avec des reads courts est nécessaire, ce qui réintroduisant de facto tous les problèmes de k-mers courts. La circularité est totale, les amorces PCR sont basées sur la référence qu’on prétend valider ! 

Vraiment vous devriez lire l’étude qui suit : 
« The long and short of it : benchmarking viromics using Illumina, Nanopore and PacBio sequencing technologies »
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/38376377/

Extraits : « Malgré une couverture de lecture élevée, les assemblages basés uniquement sur les longues lectures n’ont permis de récupérer qu’un seul génome complet par assemblage, sauf si les lectures étaient sous-échantillonnées avant l’assemblage. Globalement, la meilleure approche consistait à assembler les génomes en combinant les lectures Illumina et Nanopore, ce qui a permis de réduire les taux d’erreur à des niveaux comparables à ceux des assemblages basés uniquement sur les courtes lectures. »

Conclusion qui confirme que les génomes sont des assemblages, des « constructions » à partir de fragments d’ARN épars. 
... « Nous avons comparé les plateformes de séquençage Illumina, ONT et PacBio pour l’analyse du virome en utilisant différentes combinaisons de lectures et d’assembleurs, et nous formulons les recommandations suivantes : (i) si une seule plateforme de séquençage est utilisée, Illumina offre les meilleures performances en termes de récupération du génome et présente les taux d’erreur les plus faibles ; (ii) l’ajout de lectures longues aux lectures Illumina améliore l’assemblage des génomes peu abondants, en particulier ONT ; (iii) bien que les assemblages de lectures longues, en particulier ONT, présentent des fréquences d’erreur plus élevées, le polissage avec des lectures Illumina peut réduire ces erreurs à des niveaux comparables à ceux des assemblages réalisés uniquement avec Illumina ; (iv) le sous-échantillonnage des lectures longues peut faciliter l’assemblage ; et (v) le choix de la plateforme de séquençage doit être pris en compte lors des décisions relatives aux analyses ultérieures, telles que l’algorithme d’assemblage et le logiciel de prédiction virale. »

Voilà pemile, vous pouvez remballer vos « reads longs », ils procèdent de la même escroquerie du raisonnement circulaire.