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@Eric F

Je vous reprends : « voilà ce qu’un enfant de six ans peut comprendre ». Donc « vous devez » le comprendre Eric F ! Voici « des preuves » de votre inculture biologique.

Dans l’étude fondatrice de janvier 2020, Na Zhu et al. ont identifié un nouveau coronavirus à partir d’échantillons respiratoires humains en utilisant une approche de séquençage métagénomique.
Cette approche repose sur un principe clé : séparer informatiquement les séquences humaines des séquences non humaines en comparant les lectures obtenues à un « génome humain de référence ».

À cette date, années 2019-2020, le seul génome humain de référence disponible était « GRCh38 ». Or, il est désormais établi que GRCh38 était incomplet, laissant environ 8 % du génome humain non représenté, principalement des régions répétitives (centromères, LINE-1, Alu, HERV, duplications segmentaires) (1).

Concrètement, cela signifie que toute séquence issue de ces régions humaines absentes ne pouvait pas être reconnue comme humaine par le pipeline bioinformatique, puisqu’elle n’avait aucun équivalent dans la référence utilisée. Ces séquences n’étaient donc pas éliminées comme « humaines », mais conservées par défaut dans le jeu de données dit “non humain”.

Par ailleurs, l’étude de Zhu et al. ne comporte pas d’étape de purification physique des particules virales, telle qu’une ultracentrifugation sur gradient de densité. La distinction entre matériel humain et non humain repose donc exclusivement sur une comparaison informatique, et non sur une séparation expérimentale préalable (2).

Ce point est méthodologiquement important :

• la classification « non humaine » ne signifie pas « non humaine en réalité », mais seulement « non alignée sur la référence disponible » ;

• l’incomplétude du génome de référence introduit mécaniquement une zone aveugle, dont l’impact n’a pas été quantifié à l’époque.

La probabilité que le génome du SARS-COV2 intègre des séquences humaines inconnues en 2020 est immense parce que l’exhaustivité du génome humain de référence était fausse, comme cela a été démontré ultérieurement en 2022 par une grande équipe de généticiens mondialement respectés. (1)

À ce jour, aucune étude publiée n’a réévalué quantitativement cette étape de filtrage en utilisant un génome humain complet (T2T-CHM13).

• (1) Nurk S. et al., The complete sequence of a human genome, Science, 2022, PMID : 35357919, DOI : 10.1126/science.abj6987.

• (2) Zhu N. et al.,A Novel Coronavirus from Patients with Pneumonia in China, 2019,NEJM, 2020, PMID : 31978945.