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@pemile
copié-collé : « Séquençage de cellules infectées vs cellules saines ? »...

Sans blague ? Contre cellules saines ! Cela ne se fait jamais ! Essayez de trouver une documentation qui parle de ça ! 

Très généralement, je le répète pour le poisson rouge « oublieux », les séquences d’ARN utilisée pur « construire » des génomes proviennent d’une culture « in vitro ». Dans cette culture nous avons :
— Une sécrétion humaine (généralement du liquide de lavage broncho-alvéolaire)
— Des cellules VERO (de singe vert) (pour aider à la « multiplication »)
— Des cellules de sérum foetal bovin (pour nourrir la culture).

Et, autant les cellules humaines, que les cellules de singe, que les cellules de bovins, émettent des quantités énormes d’exosmoses.
Ce que vous appelez « séquençage » est, en réalité, « l’assemblage de séquences de nucléotides retrouvées dans un surnageant, et après lecture », à l’aide d’un outil informatique. Et ses « séquences » rien ne prouvent qu’elles sont d’origine virale !

Bien tenté pemile, mais « plouf », un coup d’épée dans l’eau, à proximité du poisson rouge qui s’ y débattait en toute innocence. 

 Deuxième question (copié-collé) :« Plus fort, comment les virologues arrivent à calculer la charge virale dans les égouts  ? »

A l’aide d’un test PCR, muni d’une amorce (dite séquence spécifique) sélectionnée dans le génome algorithmique de synthèse archivé dans la base de donnée des méchants virus.

 Ici, le glissement sémantique est terrible.  On passe de « particules virales infectieuses » (concept virologique) à « fragments d’ARN détectables par PCR » (mesure réelle).
Et pour répondre d’une manière claire à votre question : « La »charge virale« mesure la quantité de copies d’une »séquence d’ARN spécifique«  présente dans un échantillon (sang, salive, eaux usées, etc.). 
Et cette »séquence spécifique« est »virale« puisqu’elle a été déposée dans la base de données des virus. 

On ne retrouve pas de »virus« dans les égouts pemile. On retrouve des séquences de nucléotides qui ont été »archivées comme virales". C’est un raisonnement circulaire absolu, un peu à votre manière de tourner en rond dans votre bocal.

Cette affaire ne sent vraiment pas bon !