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@Christophe Cros Houplon

Quelle plaisanterie ! 

Vous ne savez même pas comment les virologues « construisent » des concepts de génomes viraux. Vous êtes totalement ignorant. 

Nous avons un surnageant de culture appelé « isolat ». Cet « isolat » est supposé contenir les « très méchants virus ». Les fragments d’ARN ou d’ADN sont recherchés dans cet isolat.

Et voilà les virologues en présence de millions de fragments d’ARN (ou d’ADN) qu’ils « estiment » provenir de ces « très méchants virus ». Il faut donc « lire » ces fragments et les assembler. 

D’abord ils sont « découpés » en fragments plus petits que l’on appelle des « reads ». Une fois ces « reads » produits, un « algorithme », spécialement dédié à cette « mission », cherche les meilleurs chevauchements dans ces « milliards » de reads. Et l’algorithme assemble ces reads par chevauchement, les uns après les autres. C’est un puzzle géant qu’aucun humain ne pourrait assembler.

Ces reads sont donc assemblés en fragments plus grands par chevauchements et parviennent à former des séquences plus longues appelées « contigs ». Il ne suffit plus qu’à assembler ces différents contigs. Mais ici il y a un problème. Ces différents « contigs » ne « coïncident pas ». Il y a ce que les virologues appellent des « gaps », c’est à dire des « séquences non couvertes ».

Que cela ne tienne ! L’algorithme produit des séquences « spéculatives » et comble les différents « gaps ». L’algorithme invente des séquences de « rattrapage » en s’appuyant sur les génomes déjà archivés (eux même construits selon cette même « logique »).
Et voilà le « tout nouveau génome » sort de l’oeuf ! Il est construit. Et l’algorithme l’a fait ressembler à d’autres génomes déjà archivés et construits suivant le même principe. L’algorithme peut produire de multiples génomes « cohérents » avec de « parfaits chevauchements » devant la multitudes de « reads » disponibles. C’est simplement « mathématique » avec seulement 4 bases. L’algorithme, guidé par le virologue, choisit donc ce que l’on appelle des « séquences conservées ». C’est à dire des séquences déjà enregistrées dans d’autres génomes. L’algorithme y arrive très bien. Et c’est donc le génome présentant le plus de séquences conservées qui sera élu « génome de l’année ».
C’est pas beau ça ? 

Alors ce nouveau beau génome n’a strictement aucune réalité biologique. Il vient d’être construit à partir de fragments épars d’ARN « attribués par hypothèse » à du matériel « viral ». Seulement voilà, depuis l’année 2007 la biologie cellulaire a pris un nouvel essor avec la découverte des vésicules extra cellulaires qui transportent, c’est leur fonction biologique aujourd’hui reconnue, de l’ARN, de l’ADN, des lipides et des protéines. Ce qui veut dire que les virologues ont donné à assembler à l’algorithme des séquences de nucléotides venant de ces vésicules extracellulaires. Ils ont « conceptualisé » des génomes chimériques.

Et maintenant le « très méchant virus » vient de « Fort Detrick » ! Vous en avez encore des histoires savoureuses comme celle là ?