Phylo, le jeu simple comme Tétris et utile pour la recherche biologique
par Saltz
lundi 1er décembre 2014
Les règles de Phylo sont simples :
- faire glisser des carrés de couleur sur les lignes d'une grille pour les aligner en colonne.
- http://en.wikipedia.org/wiki/Phylo_%28video_game%29
- Une copie d’écran de Phylo, avec 8 alignements de séquence destinés à être comparés et évalués
Le jeu est simple à comprendre et à jouer. Et comme tout jeu vidéo, il a des niveaux plus ou moins compliqués. Pour motiver, le score moyen est affiché ainsi que le score maxi à battre.
C'est Jérôme Waldispuhl, PhD, professeur adjoint de sciences informatiques à l'Université McGill qui a dirigé son développement avec un collègue.
« Quand un généticien obtient une nouvelle séquence, la première chose qu'on veut faire, c'est souvent de la comparer à des séquences provenant d'autres espèces ou d'individus. »
Les comparer signifie les aligner et trouver les correspondances. Les programmes informatiques sont très utiles mais ils n'apportent pas toujours le meilleur alignement. Ils sont bridés dès leur conception par leur algorithme.
« L'alignement de plusieurs séquences est un problème qui est très difficile en informatique. Mais c'est aussi l'une des techniques les plus utilisées dans les études de génome aujourd'hui. »
Les scientifiques formalisent les gènes par des carrés de couleur, ce qui fait que la recherche du meilleur alignement est accessible par n'importe qui, même s'il n'est pas généticien.
Plus de 300.000 personnes ont joué à Phylo depuis son lancement en 2010, et l'équipe de Waldispuhl a rapporté dans un papier du Genome Biology en 2013 que :
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jusqu'à 5 fois sur 10, un joueur occasionnel peut égaler la performance des joueurs d'experts,
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et jusqu'à 4 fois sur 10, les joueurs peuvent améliorer la solution trouvée par un programme informatique.
Maintenant, les scientifiques ont élargi le jeu pour que les chercheurs qui travaillent sur un problème génétique - de l'hypertension artérielle au cancer - puissent soumettre leurs séquences aux joueurs. Les alignements des joueurs ne guérissent pas la maladie, mais ils fournissent de meilleurs points de départ pour les chercheurs.
Dan MacLean, PhD, un bio-informaticien au laboratoire Sainsbury à Norwich, au Royaume-Uni, a développé un autre jeu : Fraxinus, qui, comme Phylo, est un jeu d'alignements de couleurs symbolisant des séquences génétiques du frêne et du champignon (Chalara fraxinea) qui menace jusqu'à 95 % des frênes de Grande-Bretagne.
L'enjeu est de comprendre la maladie qui attaque les frênes pour sauver les arbres du pays, de savoir quelles parties du génome du champignon causent la maladie, et d'identifier les séquences génétiques dans les frênes qui les rendent vulnérables.
Au cours des 10 premières semaines de mise en ligne de Fraxinus, plus de 10 000 séquences ont été analysées.
MacLean espère comprendre la logique des gens qui jouent à Fraxinus pour améliorer les programmes informatiques.
Depuis 2008, les joueurs de Foldit ont permis de déterminer comment les protéines se replient, tandis les utilisateurs de Eyewire tracent la route des axones d'un neurone grâce aux tranches IRM pour aider à construire le connectome (le plan complet des connexions neuronales dans un cerveau).
Dit comme ça, tout est magnifique. On joue et on fait avancer la science.
Des questions se posent.
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Les bénévoles travaillent-ils pour une entreprise privée qui verrouillent et marchandent leurs découvertes ? Ou leur aide va-t-il à l'établissement de connaissances disponibles gratuitement par tous ?
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Quand les statistiques de Pôle Emploi s'envolent, que penser de ces gens qui travaillent sans être rémunérés à la place des salariés des laboratoires, même s'ils le font en s'amusant ? L'écart est gigantesque entre des tâches utiles à la société mais non répertoriées et non payées et des emplois bidons créés pour maquiller des statistiques. Dans un cas une richesse est créée, dans l'autre du temps et de l'énergie sont gaspillées en vain.
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Que va faire l'Urssaf ? Va-t-elle lancer des amendes au titre de travail dissimulé, comme il y a un an et demi dans un café de Bretagne ? Et va-t-elle comme Hadopi espionner les internautes qui vont sur ces sites de jeu pour les fliquer ?
PS : pour les amnésiques et les mal informés, le www.letelegramme.fr/ a rapporté l'histoire des 9.000 euros d'amende infligés à un café parce que des clients rapportaient des verres vides au comptoir.
Le 30 juin 2012, trois agents ont procédé au redressement d'un café-concert de Locmiquélic, une petite commune du Morbihan, pour travail dissimulé.
…
Contactée par Le Monde, elle [la gérante] raconte l'incident qui a eu lieu lors d'un concert au Mamm Kounifl dans une salle pleine, avec 120 personnes, un service qui se fait au niveau du comptoir et une clientèle qui ramène bien souvent ses verres vides pour en commander un nouveau.
...
« Ils [Les agents de l'Urssaf] sont arrivés à 0 h 20,... », détaille-t-elle. « Vingt minutes plus tard, une cliente, habituée des lieux, vient déposer des verres et passe derrière le comptoir pour se rendre aux toilettes. Un flagrant-délit pour les inspecteurs qui décident de passer à l'action. « C'est une cliente fidèle, c'est un raccourci si on est pressé, précise la gérante. Il y a même un écriteau où il est inscrit "Pipi express par là". »
D'après Mme Le Floch, l'intervention des agents de l'Urssaf est alors très violente. « Ils ont plaqué mon mari contre le mur et une femme m'a saisie par le bras, relate-t-elle. Ils m'ont dit de dégager d'ici, de foutre le camp et que j'allais couler. » Les musiciens s'arrêtent alors de jouer et les discussions cessent. « D'un coup, il y a un silence de plomb. »
Du côté de l'Urssaf, on dément totalement cette version des faits.
A la fin du mois de juillet 2012, Mme Le Floch reçoit un recommandé et doit s'acquitter de 7 920 euros. Le tout accompagné d'une saisine du procureur de la République. Le parquet de Lorient finira par classer l'affaire sans suite, faute d'infraction caractérisée.
Mais l'Urssaf s'obstine dans ce dossier et réclame désormais aux gérants plus de 9 100 euros avec les majorations. cf Le Monde le 20.12.2013 à 18h07
Jouer à Phylo, c'est en réalité travailler sans être déclaré et le fait divers breton est clair : l'administration est ferme. Alors, comme on dit « jouer comporte des risques » , réfléchissez à deux fois avant d'aller sur Phylo et d'aider la science. On ne sait jamais.