Si l’on prend la peine d’examiner de près les petits mais puissants écrits épistémologiques de Pascal, on y trouvera une réflexion philosophique, véritablement rationnelle dirigée contre la « méthode cartésienne ». Blaise Pascal n’admettait aucune interaction entre science et métaphysique, aucun recours à des « qualités occultes » du type de la vertu dormitive de l’opium immortalisée par Molière, aucun recours à des définitions circulaires ne définissant rien ; il reconnaissait à la raison expérimentale priorité sur les hypothèses désordonnées telles que l’existence de l’éther ou d’une matière subtile.
Leibniz énonça cette magnifique devise scientifique : « J’aime mieux un Leeuwenhoek [utilisateur du microscope en biologie] qui me dit ce qu’il voit qu’un cartésien qui me dit ce qu’il pense. » (Lettre à Huyghens, 2 mars 1691).
Selon le Néerlandais Christian Huygens (1629-1695), « M. Descartes avait trouvé la manière de faire prendre ses conjectures et fictions pour des vérités. Et il arrivait à ceux qui lisaient ses Principes de philosophie quelque chose de semblable qu’à ceux qui lisent des romans qui plaisent et font la même impression que des histoires véritables. » (Remarques sur Descartes).