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@Francis
Bonsoir Francis

Les virologues de l’ère « moderne », c’est à dire, post 2007 et l’étude fondatrice de Valadi et collègues, affirment filtrer les courts fragments, les « reads », trop proches du génome humain. Mais cette défense soulève plus de questions qu’elle n’en résout. Quels seuils de similarité sont appliqués ? Ces seuils varient considérablement d’une étude à l’autre sans standardisation. Plus important encore : filtre-t-on aussi rigoureusement les séquences de singe vert (cellules VERO) et les exosomes bovins (sérum fœtal) ? La littérature reste muette sur ce point. Et surtout, même après élimination partielle des « reads » humains, l’abondance des milliards de fragments restants garantit mathématiquement la possibilité d’assembler un génome cohérent. La loi des grands nombres continue de s’appliquer.

Mais plus encore : le fait, par les virologues, d’éliminer les « reads » trop proches du génome humain revient à reconnaître explicitement que le surnageant renferme une énorme quantité d’ARN d’origine exosomale, donc de l’ARN cellulaire ! Et cet ARN cellulaire a toujours été présent dans le surnageant, avant même que les virologues n’en aient conscience. Au moment du séquençage de tous les « génomes historiques », avant 2007 ! Une erreur historique parce qu’ils n’en ont pas tenu compte, par ignorance de la biologie des exosomes !

Ainsi, même en admettant un « filtrage rigoureux » des « reads » humains, l’abondance statistique reste colossale. Éliminons généreusement 90% des fragments comme « trop humains ». Il reste encore 1 000 milliards de fragments disponibles. Avec ces nombres, chaque séquence possible de 8 nucléotides apparaît encore 2,18 milliards de fois. L’assemblage d’un génome cohérent demeure une certitude mathématique. La loi des grands nombres continue de s’appliquer sans faiblir.

Les assemblages modernes ne sont pas garantis par une connaissance indépendante du génome, mais par la densité de fragments et la « ressemblance avec des séquences de référence ». La loi des grands nombres assure la surabondance de combinaisons locales, mais pas la validité biologique de l’assemblage final.