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@pemile

Mais mon « pov » pemile vous n’avez pas encore découvert les « K-mers ». Vous ne savez donc pas comment fonctionne un algorithme ?

Réfléchissez à ce que sont ces « K-mers ». Savez vous que les algorithmes commencent toujours par rechercher des chevauchements dans les courts K-mers (K-21 = 21 bases seulement). Et les correspondances dans ces courts K-mers sont très nombreuses. Il s’agit de faire coïncider 20 bases (les 20 dernières bases du k-mer 1 doivent correspondre aux 20 premières bases du k-mer 2). Et plus le chevauchement est court, plus il est facile de trouver deux fragments qui correspondent « par hasard ». 
Ainsi commencer par k-21 « garantit de trouver des correspondances », mais ne garantit absolument pas que ces correspondances reflètent une réalité biologique. La loi des grands nombres s’applique ! 

Si l’algorithme doit systématiquement commencer avec un k court pour « garantir de trouver des correspondances », c’est précisément parce que les chevauchements longs ne fonctionnent pas ! 
Si un virus unifié était présent, alors l’échantillon contiendrait des millions de copies identiques du même génome viral (ou quasi-identiques) qui seraient séquencées en fragments aléatoires le long de ce génome en créant naturellement des chevauchements profonds et cohérents. L’algorithme devrait trouver d’excellents chevauchements même avec k=71, 91, ou encore plus.
Mais les seules correspondances fiables sont sur des « séquences courtes » ! Et pourquoi trouve-t-on des correspondances sur séquences courtes ? Et bien parce que ce sont des séquences conservées partagées entre fragments d’origines différentes, en provenance d’exosmoses humains, bovins et simiesques.

Le fait que les virologues aient standardisé l’usage de « k=21-25 » comme point de départ est un aveu implicite que les données ne supportent pas l’assemblage avec des « k longs ». Mais au lieu de questionner l’hypothèse du virus unifié, ils ont normalisé la méthode qui force un résultat qui n’est que le reflet du « hasard » !

N’essayez pas de cacher la poussière sous le tapis avec vos interventions qui manquent de rigueur et qui ne sont pas en lien avec le protocole qui est appliqué ! 

Et dire que vous parlez d’être fâché avec les maths ! 

https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11152613/