Legestr glaz

@pemile
Copié-collé : « Non, l’idée c’est de comprendre qu’une séquence de 300 bases d’un ARN viral ne peut être confondu avec aucune séquence de 300 bases d’un ARN humain ».

Vous n’avez rien compris ou vous faites l’imbécile ou les deux ?

On se moque d’une séquence de 300 bases pemile ! L’algorithme cherche à assembler deux fragments. Et pour ce faire il cherche les meilleures correspondances de fin et de début des « fragments considérés » ! Si un fragment possède une fin de 25 nucléotides, rangés d’une certaine façon, l’algorithme recherche un fragment commençant par ces 25 nucléotides (ou 28 ou 30, peu importe, il cherche les « meilleures correspondances !).

Une fois ceci fait, il cherche à accoupler un fin avec un début. Et ceci est »toujours« rendu possible devant la masse des fragments disponibles. C’est gagnant à chaque fois ! 

Vous n’avez pas l’air de comprendre et vous vous enfoncez lamentablement imaginant qu’il existe de l’ARN »viral« différent d’un autre ARN !

pemile retenez bien : l’ARN est constitué de 4 bases ! De rien d’autre ! Il n’y a pas d’ARN viral distinct d’une autre ARN !
Chez les bactéries ou chez les humains, l’ARN utilise les mêmes quatre bases, liées à un sucre ribose et un groupe phosphate. La différence entre ARN bactérien et humain ne réside donc pas dans la composition chimique des bases mais plutôt dans leur organisation, leur maturation, leurs modifications post-transcriptionnelles. 

D’ailleurs pemile si vous »aviez raison« , les virologues n’écarteraient pas »aujourd’hui« , jusqu’à 90% des »reads« (courts fragments d’ARN) présents dans le surnageant parce qu’ils présentent trop d’homologies avec le génome humain ! 
C’est par »comparaison« qu’ils écartent ces fragments (ou demande, plus exactement, à l’algorithme de le faire). En revanche, avant 2007, les virologues utilisaient »tout" l’ARN du surnageant. Et c’est bien cet ARN exosomal qui se retrouve aujourd’hui dans les génomes des virus archivés. Des génomes algorithmiques de synthèse !

Vous vous plantez royalement pemile. Passez à autre chose vous serez moins ridicule !

@Francis

Bonjour Francis. 

Soit pemile joue les parfaits imbéciles soit il ne comprend pas ce qui se passe. Chacun appréciera.

Il écrit ceci : « copié-collé : »

1. Legestr glaz vient de démontrer qu’il fait une confusion entre le nombre de lettres de l’alphabet et les milliards de « textes » de 300 lettres que l’on peut composer.
2. Prétendre que l’on ne peut différencier ARN humain et ARN viral sur des séquences de 300 lettres c’est comme prétendre que l’on pourrait trouver un extrait de 300 caractères valide en breton dans un milliard de fragments de 300 caractères de textes en français.« 

Il n’a donc rien compris à la manière dont un algorithme »construit« un génome. On s’en moque de la combinaison de 4 lettres parmi 300 ! Ce n’est pas »ça« qui est important. On demande à l’algorithme de rechercher les meilleures correspondances de »fin« et de »début« de fragments entre 20 et 40 nucléotides combinés de la même façon. Et c’est bien ce qu’il fait avec une très grande facilité devant l’abondance des fragments présents ! C’est la loi des grands nombres. 

Et les virologues sont dans l’obligation de »guider« l’algorithme dans une certaine direction (en relation avec les génomes existants) tant les possibles sont nombreux. Devant l’abondance des »reads« l’algorithme peut construire des milliers de génomes avec des chevauchements parfaits de 20 à 40 nucléotides. Et d’ailleurs c’est bien ce qu’il fait. Les nombreux »variants« et autres »mutants« montrent et prouvent qu’un algorithme trouvera toujours de très bons chevauchements parce qu’il peut »piocher« dans des milliards de fragments. Le résultat est absolument garanti ! 

La virologie est une supercherie. Mais comme le »petit peuple« ne connait pas la manière dont cela se passe, parce que tout ceci est caché par une grande complexité, on lui fait avaler des couleuvres. 

L’histoire de Breton et de Français de pemile est d’une nullité exemplaire et montre que, soit ill n’a rien compris, soit qu’il joue aux imbéciles, et il le fait très bien.

Tous les génomes viraux enregistrés dans les bases de données sont des génomes algorithmiques de synthèse. Ils n’ont aucune réalité biologique. Ils sont des artefacts expérimentaux. 

Tous les génomes de virus »historiques« et »célèbres« archivés dans les bases de données des virus ont été »construits« par des algorithmes en utilisant les fragments d’ARN d’exosmoses ! Ceci est irréfutable ! Et pourquoi ? Parce que les virologues »ignoraient« que les exosomes transportaient de grosses cargaisons d’ARN. Et c’est bien cet ARN qui a été utilisé par les algorithmes pour »construire« des génomes.

Conclusion : ces génomes »historiques« n’ont aucune réalité biologique ! Ce sont des »inventions« . Ces génomes n’ont jamais »agressé« personne. Maintenant il appartient aux virologues de »prouver« qu’il existe des fragments d’ARN d’origine »virale« . Mais ceci sera impossible à démontrer. 

Actuellement la virologie utilise des techniques de pointe. Mais, elle utilise aussi les génomes »archivés« sans lesquels ils ne peuvent rien construire. Et malgré une technologie de pointe, ils utilisent des génomes »artificiels". Tout est frelaté en virologie.

@Francis

300 bases dans le même fragments. Ces bases sont au nombre de 4 : ACGU. Ces 4 bases (lettres) reviennent tout le temps. L’idée est de savoir combien il existe de combinaisons possibles de ces 4 lettres, dans ce seul fragment. Ceci donne mathématiquement 4 à la puissance 300. C’est l’équivalent de 10 à la puissance 180. Ce chiffre est colossal. Mais, ce qui compte c’est de considérer le début et la fin de la séquence avec seulement ces 4 lettres. 

La très grande majorité des séquençage sont réalisés par le procédé « illumina ». Ce procédé utilise des « reads » (des fragments) de 150 bases. 
L’idée c’est de faire rechercher à un algorithme des séquences qui finissent d’une certaine façon pendant que d’autres commencent de la même façon. 
Une exemple. Si un fragment de 150 bases se termine par ACGUACGUACGUACGUACGU et qu’un autre commence par la même variation, alors l’algorithme les « lie » et nous avons deux fragments de 150 bases qui sont réunis. Ensuite on passe à la fin du 2ème fragment et on cherche une correspondance dans les fragments libres. Et ainsi de suite.
Il suffit de répéter l’opération, pour l’algorithme, un peu plus d’une centaine de fois pour « construire » tranquilou un génome grippal (de 17000 nucléotides environ).

Avec des centaines de milliards de fragments dans le surnageant, contenant chacun plus d’une centaine de sous-séquences courtes, la loi des grands nombres garantit une abondance astronomique de chevauchements potentiels.

Mais l’algorithme ne cherche pas n’importe quel assemblage au hasard. On lui demande de construire quelque chose qui ressemble à un génome viral connu dans les bases de données. L’algorithme va donc sélectionner, parmi les milliards de chevauchements possibles, ceux qui correspondent à ce qu’on lui a demandé de trouver.

On trouvera toujours ce qu’on cherche, non pas parce que c’est réellement présent comme entité biologique, mais parce que l’abondance combinatoire garantit qu’on peut assembler pratiquement n’importe quelle séquence de référence.

Les virologues ne « découvrent » jamais de génome, ils le construisent à l’aide d’un algorithme et la loi des grands nombres fait le reste. Le résultat, à savoir un génome de 17000 nucléotides environ pour un « virus grippal » ou de 30000 nucléotides pour un coronavirus, est « absolument » garanti. L’algorithme pourrait même en sortir des milliers. Il est donc « guidé » par le chercheur pour diriger sa recherche dans une certaine direction. Mais il faut comprendre que ce génome n’existe pas dans la réalité : il est fictif, il est imaginaire, il est une construction algorithmique de synthèse. Il n’a jamais existé, il vient d’être construit par un algorithme. Ensuite ce génome va rejoindre la base de données des virus, dont les génomes ont été « construits » de la même façon.

@pemile

Mauvais joueur na ! 

L’équipe de Valadi et al. a simplement découvert en 2007 que les exosomes transportaient de l’ARN, voire de l’ADN, des protéines et des lipides. Qu’ils étaient des messagers cellulaires ! Ce que les virologues ignoraient, comme vous on dirait ?

Ne vous cassez pas la tête avec ça si vous ne comprenez pas. Ce n’est pas grave du tout. Vous allez survivre !

@pemile

Vous être sec où vous faites un rétropédalage en 1917 ? Vous savez l’époque bénie où l’on découvrait les bactériophages à l’aide de filtres ! En toute simplicité en somme !

Ce n’est pas la honte qui vous étouffe ! Merci d’exister pemile ! Sans vous Agoravox serait sombre. Vous savez toujours illuminer vos posts d’émoticônes joyeux et de sentences cocasses !