Legestr glaz

@Julian Dalrimple-sikes

Bonjour Julian. Oui c’est ça ! Merci pour la rectification ! 

@Francis

Bonjour Francis

Voyez vous, les virologues en herbe, au début de la virologie, se sont appuyés sur une hypothèse simple : le constat d’effets cytopathiques après « filtration » de la culture. Lorsque ces premiers « virologues » constataient des effets cytopathiques, après filtration, donc après avoir éliminé les bactéries, ils en « déduisaient » qu’un « virus » en était la cause. 

Ce simple « constat » d’effets cytopathiques après filtration a permis de « postuler », le mot à un sens, de « postuler » donc, pour l’existence du virus de la polio, du virus de la rougeole, du virus porcin (H1N1) et du virus aviaire (H5N1). A titre d’exemple.

Nous sommes ici avant les années 1960 ! La technologie était rudimentaire. Les chercheurs qui ont « postulé » pour l’existence de ces 4 « virus » ont seulement et « uniquement » constaté des effets cytopathiques après filtration. Après filtration, une partie de la solution mis en présence d’une autre culture provoquait des effets cytopathiques dans cette seconde culture. La conclusion était : c’est un virus qui fait ça ! 

Mais depuis le XXIème siècle, la biologie cellulaire a énormément progressé. Tous les effets cytopathiques « constatés » avant 1960 et attribués, par manque de connaissances de la biologie cellulaire, à des « virus », sont aujourd’hui parfaitement explicables. Tous. Explicables sont l’intervention de « virus ». 

Et il faut aussi considérer que tous les séquençage des virus « historiques » ont été réalisés sans tenir compte, le moins du monde, de la biologie des exosomes pour la simple et bonne raison que les virologues ignoraient que les exosomes transportaient de l’ARN.
Aujourd’hui, les virologues en arrivent à « écarter » entre 85% et 95% des fragments d’ARN du surnageant d’une culture par homologie avec des séquences du génome humain. Ceci montre simplement la puissance de la présence d’ARN exosomal (donc cellulaire) dans le surnageant. Toute chose qui était « inconnue » avant 2007 ! Je le répète : tous les génomes historiques ont été « construits » sans tenir compte de la présence massive d’ARN exosomal dans le surnageant. Tous les génomes historiques sont frappés d’un biais méthodologique rédhibitoire. Nous avons sous les yeux des « artefacts expérimentaux » ! Et il appartient à la virologie d’apporter la preuve du contraire !

@Legestr glaz
 
La retranscription de l’exposant n’a pas été réalisée par Agoravox. Il faut donc lire

4 exposant 50 et 4 exposant 300 (et non 450 et 4300). Des chiffres immenses !

@pemile

Vous posez une question dont vous avez déjà la réponse. 

Pour 4 bases ARN disponibles, ACGU, un fragments de 50 bases montrera 450 possibilités.
Pour un fragment de 300 bases : 4300possibilités.

Mais même, pemile, si l’on considère de longs chevauchements, disons entre 20 et 40, ce qui est énorme, compte tenu de la présence de centaines de milliers de milliards de fragments dans le prélèvement observé, l’algorithme est certain de trouver des milliers de correspondances. Absolument certain ! C’est la loi des grands nombres ! 

Ainsi, avec des dizaines de milliers de milliards de fragments issus du séquençage Illumina, des algorithmes peuvent assembler des milliers de séquences génomiques différentes grâce à des chevauchements fiables de 20 à 40 nucléotides, ce qui est à la base des méthodes actuelles en génomique de novo !

Mais alors, me direz vous pemile, si l’algorithme peut construire autant de génomes avec de longs chevauchements, comment font les virologues pour « choisir » leur « candidat génome » parmi ces milliers d’exemplaires tous cohérents ?

Et bien, cher pemile, ils procèdent par « homologie ». Ils demandent à l’algorithme de sélectionner le génome qui aura le plus d’affinités avec un génome « déjà » connu et archivé dans les bases de données. Vous voyez comme la virologie est un raisonnement circulaire, une pétition de principe ?

... Après l’assemblage des fragments et la génération de nombreux contigs ou génomes candidats, les algorithmes comparent ces séquences aux génomes déjà connus et archivés dans des bases de données (comme GenBank, RefSeq, etc.). Cette comparaison se fait à l’aide d’outils d’alignement (BLAST, minimap2, etc.) qui mesurent l’homologie ou la similarité entre les séquences.

Le génome candidat présentant la meilleure correspondance (meilleurs scores d’identité, couverture, syntenie) avec un « génome référent connu » est alors sélectionné comme la représentation la plus plausible et fiable. 

Et vous « comprendrez », pemile, que les génomes qui servent de référence, ont été « construits » avant la découverte de la biologie des exosomes, avant 2007. Et vous comprendrez alors que ces génomes « pré-2007 » ont été construits à l’aide d’ARN provenant d’exosmoses c’est à dire à partir d’ARN cellulaire (soit des cellules humaines, soit des cellules animales de la culture, VERO ou sérum foetal bovin).

La virologie est une supercherie. Les génomes archivés, validés avec les connaissances anciennes, ne prennent pas en compte la biologie des exosomes !

Pour vous servir pemile !

@Francis
Bonsoir Francis

Les virologues de l’ère « moderne », c’est à dire, post 2007 et l’étude fondatrice de Valadi et collègues, affirment filtrer les courts fragments, les « reads », trop proches du génome humain. Mais cette défense soulève plus de questions qu’elle n’en résout. Quels seuils de similarité sont appliqués ? Ces seuils varient considérablement d’une étude à l’autre sans standardisation. Plus important encore : filtre-t-on aussi rigoureusement les séquences de singe vert (cellules VERO) et les exosomes bovins (sérum fœtal) ? La littérature reste muette sur ce point. Et surtout, même après élimination partielle des « reads » humains, l’abondance des milliards de fragments restants garantit mathématiquement la possibilité d’assembler un génome cohérent. La loi des grands nombres continue de s’appliquer.

Mais plus encore : le fait, par les virologues, d’éliminer les « reads » trop proches du génome humain revient à reconnaître explicitement que le surnageant renferme une énorme quantité d’ARN d’origine exosomale, donc de l’ARN cellulaire ! Et cet ARN cellulaire a toujours été présent dans le surnageant, avant même que les virologues n’en aient conscience. Au moment du séquençage de tous les « génomes historiques », avant 2007 ! Une erreur historique parce qu’ils n’en ont pas tenu compte, par ignorance de la biologie des exosomes !

Ainsi, même en admettant un « filtrage rigoureux » des « reads » humains, l’abondance statistique reste colossale. Éliminons généreusement 90% des fragments comme « trop humains ». Il reste encore 1 000 milliards de fragments disponibles. Avec ces nombres, chaque séquence possible de 8 nucléotides apparaît encore 2,18 milliards de fois. L’assemblage d’un génome cohérent demeure une certitude mathématique. La loi des grands nombres continue de s’appliquer sans faiblir.

Les assemblages modernes ne sont pas garantis par une connaissance indépendante du génome, mais par la densité de fragments et la « ressemblance avec des séquences de référence ». La loi des grands nombres assure la surabondance de combinaisons locales, mais pas la validité biologique de l’assemblage final.