Legestr glaz

@Francis, agnotologue

Le premier virus, celui de la mosaïque du tabac, a été découvert dans ces conditions « non contrôlées », dans les années 1930. A cette époque ce sont les effets cytopathiques remarqués qui étaient qualifiés de « viraux ».

A cette époque, et pendant encore longtemps, les vésicules extra cellulaires et les exosomes étaient totalement inconnus.

Depuis nous savons que les cellules animales, mais aussi végétales, mais aussi des bactéries, mais aussi des champignons, émettent des vésicules extra cellulaires dans l’environnement extra cellulaire. Ceci montre qu’il s’agit d’une caractéristique générale du vivant. Tout ceci était ignoré il y a 15 ans en arrière !

Et l’on sait aujourd’hui que l’intégration d’acides nucléiques (l’ARN) dans des cellules produit de forts effets cytophatiques, en l’absence même d’agent pathogène.

Ainsi, Francis, les 2 hypothèses de départ de la virologie sont fausses !
— Les effets cytopathiques se produisent dans la cellule même en l’absence d’agent pathogène (qui pourrait être potentiellement par hypothsèe un « méchant virus »).
— L’ARN découvert dans le milieu extra cellulaire peut provenir d’exosomes.

Lorsqu’une discipline comme la virologie s’appuie sur 2 hypothèses de départ qui s’avèrent être totalement fausses, que doit-on penser des travaux et conclusions réalisés en relation avec ces 2 fausses hypothèses ?

@Panoramix

Copié-collé : « C’est une tocade que cette histoire de fabrication factice de génome de virus qui n’existent pas, alors que les méthodes et algorithmes sont les mêmes que ceux utilisées par exemple pour comparer des génomes humains en criminologie à partir de fragments ».

Et bien non Panoramix, en criminologie cela ne se passe pas du tout comme en virologie. Vous le « croyez » peut être, c’est votre « croyance » mais vous ne l’avez pas examinée.

Toute personne, en France, condamnée définitivement pour délit ou crime doit intégrer la base de données des empreintes génétiques : FNAEG. Et comment cela se passe t-il puisque vous voulez comparer ceci avec les cultures de recherches virales ?

Et bien un prélèvement de cellules, généralement buccales, est effectué sur la personne à enregistrer. Ces cellules nous sommes « absolument certain » qu’elles appartiennent à cette personne. Lorsque l’ADN de ces cellules sera séquencé pour rejoindre le FNAEG nous aurons la même certitude que ce séquençage est celui réalisé sur la personne concernée. Dan ce cas, précisément, c’est un « génome entier » parfaitement identifié, qui est utilisé ! Celui des cellules « prélevées » pour être parfaitement clair Panoramix !

Et en virologie ? Et bien on ne trouve jamais, jamais, jamais de génome entier ! Cela n’existe pas. Les virologues ne « séquencent » pas un génome depuis l’existant, ils en « fabriquent un » à partir de courtes séquences retrouvées dans une culture renfermant des cellules de différentes origines (humaines, oui, mais aussi de singe vert et de bovins). Ce génome est une fiction ! Ce sont simplement des séquences disparates assemblées par la bio informatique.

Si vous ne comprenez pas la différence c’est que vous ne comprenez rien au séquençage. Et je peux le dire : vous êtes frappé de l’effet Dunning-Kruger !

Et ce n’est donc pas une question « d’outils » !

@Francis, agnotologue

Bonjour Francis

Mais les virus sont supposés provoquer des maladies ! Ce n’est pas rien. Et des « pandémies terribles » qui pourraient dévaster la pauvre humanité ! 

Tenez vous le pour dit mécréant.

@Panoramix

Vous non plus vous ne comprenez pas comment se passe le séquençage ? 

Je n’ai pas été assez clair.

Après culture, dans le surnageant les virologues découvrent des fragments, de très nombreux fragments plus ou moins longs, plus ou moins courts. Pour le SARS-COV2 ce sont des « centaines de milliers » de fragments qui ont été trouvés dans le surnageant. Ce que l’on appelle des « reads » (cherchez sur internet !). Il faudra un étape transcriptase inverse pour transformer l’ARN en ADN.

— Après le séquençage, tous les reads obtenus sont comparés à des bases de données contenant des séquences connues. Début du « raisonnement circulaire » !
— Si un read s’aligne de façon significative (forte similarité) avec une séquence de coronavirus, il est classé comme viral. Poursuite du « raisonnement circulaire » !
— S’il s’aligne mieux avec une séquence humaine ou bactérienne, il est classé comme tel et écarté pour l’assemblage du génome viral.
Mais notez bien ceci à ce point précis : ... « Avant 2007, la découverte par Valadi et al. du rôle des exosomes dans le transport de l’ARN n’était pas connue des virologues. À cette époque, lors du séquençage de surnageants de cultures virales, il était courant de considérer que tout l’ARN présent dans le surnageant provenait du virus ou de cellules lysées par l’infection. Les protocoles d’analyse bio-informatique étaient donc moins sophistiqués   : il n’y avait pas de filtrage systématique pour exclure l’ARN provenant d’exosomes ou d’autres sources non virales, tout simplement parce que leur existence et leur rôle dans le transport de l’ARN étaient ignorés »...
Et c’est seulement à partir d’environ 2010 que les virologues ont commencé à chercher des séquences humaines dans les reads pour les écarter. Mais avant, ils ne l’ont jamais fait, par ignore. Ils ont construit des génomes avec !
Et ce sont « précisément » ces génomes qui figurent dans les bases de données et sur lesquels les virologues s’appuient pour « déclarer » une séquence « virale » ou pas ! Ils perpétuent leur monumentale erreur ! Ainsi les bases de données de séquences «  virales  » utilisées par les virologues reposent en grande partie sur des génomes historiques, séquencés avant que le rôle des exosomes et la complexité du transport de l’ARN extracellulaire ne soient compris.

Par ailleurs, beaucoup de séquences dites “virales” ont des homologues directs dans les rétrovirus endogènes(HERVs) et les transcrits issus d’exosomes. Ainsi Une séquence peut ne pas être “référencée” comme humaine, tout en étant endogène et fonctionnellement transcrite.

— En rejetant rapidement toute séquence “non parfaitement humaine” et en classant comme virale toute séquence qui ressemble davantage à une séquence virale déjà acceptée, on construit un modèle autoréférentiel  : ce qui est viral est viral parce que ça ne semble pas humain ; ce qui n’est pas humain est viral, parce que notre base virale contient déjà ce genre de séquence ; donc c’est viral. Magnifique poursuite du raisonnement circulaire. Ainsi tout ce qui a été caractérisé de « viral » avant 2008 continue de l’être. La virologie est une pétition de principe.

Donc si les chercheurs trouvent une séquence comme celle-ci : AUUAAAGGUUUAUACCUUCCCAGGUAACAAACCAACCAACUUUAAUGUUUUACUUGCUUUUAAAGCUUCU AUCUUGGUUUUCUUAAAGGUAACCAACCAACUUUAAUGUUUUACUUGCUUUUAAAGCUUCUAUCUUGGUU UUCUUAAAGGUAACCAACCAACUUUAAUGUUUUACUUGCUUUUAAAGCUUCUAUCUUGG
Ils la retiennent et la machinerie bio informatique recherche des correspondances en début et en fin de chaine pour sélectionner dans les « reads » ceux qui pourront s’assembler avec ceci (appelées « zones de chevauchement). Et de courtes séquences en courtes séquences, la machinerie bio-informatique, »pas les virologues« , forment un »génome de 30.000« nucléotides environ (pour les coronavirus).

Et la bio-informatique à ses propres limites ! Même avec des outils modernes, il existe une zone grise   : certaines séquences courtes ou peu spécifiques peuvent être mal attribuées, surtout si elles sont communes à plusieurs espèces ou si elles proviennent de matériel exosomique mal caractérisé.

Comprenez Panoramix que les virologues ne font pas grand chose lors du séquençage. C’est une machine qui s’y colle. Puis c’est une autre machine qui assemble ces »reads« séquencés pour les assembler en un génome sur une base de données »présumée vraie« , mais qui est totalement fausse !

Mais comme c’est complexe, les gens s’y perdent. Et vos deux liens que je voulais examiner ne fonctionnent pas. Mais peu importe, je pense que vous n’avez aucune idée de la manière dont un »génome viral" est assemblé. C’est cela l’effet Dunning Kruger, faire croire que l’on comprend et que l’on est à des années lumière de savoir comment cela se passe. Et si vous le savez, et bien discutons-en ! Qu’en pensez-vous ? 

@Enki
Copié-collé : « Ce n’est pas simplement le covid-19 qui a été trafiqué (3 insertions de HIV, 1 de SIV, du singe, 1 de malaria et des protéines de furines), mais ce sont aussi des interrogations sur l’origine du SARS et du MERS, entre autres. Et vous voudriez vous étonner qu’il y ait des psychoses  ?

Et vous pas davantage qu’Eric F, ne savez comment les virologues s’y prennent pas »assembler« un »virus« . Alors je vous explique !

Un génome viral, comme celui du SARS-COV2 », c’est environ 30.000 nucléoniques qui se succèdent. Les quatre acides nucléiques de l’ARN : ACGU que l’on convertit en ADN à l’aide d’une enzyme : la transcriptase inverse.
Un génome qui se lirait comme un livre comportant seulement 4 lettres répétées 30 mille fois : A U U A A G G G C U U U G U U G G C U G........

Comment les virologues obtiennent-ils l’ordre de ces 4 nucléotides ? Et bien dans le « surnageant » après cultures de cellules in vitro, les virologues découvrent de courtes séquences d’ARN appelées « fragments ». 

Les virologues séquencent ces courtes séquences, ces « fragments ». Evidemment ils contiennent une certaine succession des 4 nucléotides. Ces courtes séquences sont appelées « reads » et une technologie comme « illumina » est utilisée pour « lire » ces séquences retrouvées dans le surnageant.

C’est une technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) utilisée pour lire rapidement et massivement les séquences d’ADN ou d’ARN. Les machines Illumina génèrent de grandes quantités de données de séquençage, qui nécessitent ensuite des traitements bio-informatiques pour être analysées, interprétées et assemblées. La machine recherche des séquences qui se « chevauchent » et ensuite les assemble en fonction d’un « génome de référence » (déjà connu).

https://www.techniques-ingenieur.fr/glossaire/contig

Ce que signifie votre intervention c’est que vous n’avez toujours pas compris « comment » s’y prennent les virologues pour « assembler » des « reads ». Commencez par lire la notice Wikipédia, cela vous mettra le pied à l’étrier !

https://fr.wikipedia.org/wiki/Assemblage_(bio-informatique)

https://www.melbournebioinformatics.org.au/tutorials/tutorials/assembly/asse mbly-protocol/

Alors votre copié-collé : « Ce n’est pas simplement le covid-19 qui a été trafiqué (3 insertions de HIV, 1 de SIV, du singe, 1 de malaria et des protéines de furines) »...

.... est du plus grand ridicule ! Comprenez que ces « insertions » proviennent de séquençage de « reads » provenant d’autres cultures menées in vitro. Et toujours en faisant la confusion entre ARN cellulaire transporté par les exosomes (ceux émanant des cellules de la culture : de singe s’il y a des cellules de singe dans la culture, de chauve souris, s’il y a des cellules de chauves souris dans la culture, d’humains, s’il y a des cellules d’humains dans la culture). Et la base de données « totalement corrompue » fournit des génomes artefacts expérimentaux.

La virologie est une pétition de principe !