Legestr glaz

@Eric F

Je pense que vous n’avez toujours pas « compris » !

Les séquences de nucléotides sont découvertes dans le surnageant. Et dans ce « surnageant » il est « parfaitement impossible » de distinguer les fragments de nucléotides venant d’exosmose ou venant « peut être » de virus ! 

Vous savez ce qu’est un « surnageant » et comment il est obtenu ?

Comment font les virologues en 2026 pour « éliminer » les séquences de nucléotides découvertes dans le surnageant qui seraient d’origine exosomale ? Et bien ils éliminent les séquence qui sont trop proches de séquences humaines en les « comparant avec le génome humain. Et ainsi, ils en arrivent aujourd’hui à »éliminer« jusqu’à 95% des séquences retrouvées dans le surnageant.

Ceci n’était jamais réalisé »avant 2007« et la découverte de la biologie des exosomes. Et ceci montre que les séquences de nucléotides exosomales sont »omniprésentes« dans les surnageants !

Vous le saviez ou ne le saviez pas Eric F ? Vous n’avez pas l’air de »comprendre«  ?

Quant aux algorithmes, leur rôle c’est »d’assembler« les séquences que les virologues leur soumettent en faisant respecter les »meilleurs chevauchements« . Et ceci est un »jeu d’enfant« pour un algorithme. Devant l’abondance des séquences, plusieurs constructions de génomes sont »possibles« . Les virologues »sélectionnent« donc le »génome« qui se rapproche le plus des génomes archivés dans la base de données des virus. Un authentique »raisonnement circulaire« .

Ce génome algorithmique de synthèse est un concept intellectuel, rien d’autre. Il n’existe pas, il est construit »in silico« grâce à la puissance des algorithmes et à la loi du »grand nombre« face à la fabuleuse quantité de »séquences de nucléotides disponibles". 
 

@pemile
Copié-collé : « @Eric F « faisant l’hypothèse d’un mécanisme cellulaire de création de séquence génétique qui n’a absolument jamais été identifié. »
Car ses carences en math et en combinatoire le persuadent que les algos de bioinformatiques permettraient de créer ces séquences.

Vous vous plantez royalement ! Et je ne suis pas étonné ! Les »algorithmes« ne »créent« rien du tout de »novo« . Les algorithmes ont pour »rôle« de »construire« des génomes en utilisant des séquences de nucléotides découverts dans les surnageants.

Je résume : les algorithmes »n’inventent« pas les séquences retrouvées dans le surnageant. Ils sont »chargés« de les assembler en respectant au mieux des »chevauchements« .

Le problème, pemile, c’est que ces »séquences de nucléotides« proviennent d’exosmoses, pas de supposés »virus«  ! Parce qu’il faudrait »prouver« que des séquences de nucléotides du surnageant sont »d’origine virale« . 

Vous avez seulement une petite idée de la manière dont les virologues distinguent les séquences de nucléotides venant des esosomes et ceux provenant, possiblement, de »méchants virus" ?

@pemile
 J’ai bien conscience que vous ne comprenez pas ! 

Mais « rien de rien » ! 

@pemile

copié-collé : « @Legestr glaz « La virologie est un raisonnement absolument circulaire ! ». Du tout, toi, par contre, en tournant en rond sans fin dans ton bocal de dénialisme tu devrais connaître le sujet !

Circularité démontrée ! Comme le poisson rouge tournant dans son bocal. 

Il n’existe aucun critère indépendant, »non circulaire« , permettant de démontrer qu’une séquence assemblée est virale plutôt que cellulaire/exosomale, lorsque :

— elle provient d’un surnageant de culture,

— elle est assemblée par chevauchements courts,

— elle est validée par »comparaison à des bases construites de la même façon« .

Ceci n’est ni une opinion, ni une théorie alternative, ni une spéculation.

C’est un constat logique !

Pour casser le cercle, il faudrait au moins un des éléments suivants :

— un isolement physique indépendant du séquençage (particule purifiée, contrôles négatifs rigoureux),

— une démonstration de réplication autonome sans matériel cellulaire contaminant,

— une preuve d’origine non cellulaire »indépendante de toute base de données existante« .

Or, historiquement et méthodologiquement, les génomes viraux ont été établis avant l’existence de ces contrôles.

La virologie »moderne« compare des séquences à des séquences »qu’elle a elle-même classées comme virales«  dans les mêmes conditions expérimentales. Cela ne constitue pas une preuve ontologique, mais seulement une cohérence interne de modèle. C’est un pur chef d’oeuvre de »raisonnement circulaire". 

@pemile

Peut-être qu’en stimulant le poisson rouge il pourrait y avoir un sursaut de réflexion ? 

Pour évoquer les choses « simplement », pour ne pas trop heurter le poisson rouge, voici : 
— Une phylogénie classe des séquences entre elles. Elle ne démontre pas leur origine biologique. Elle ne fait qu’ordonner un ensemble déjà « présumé viral ».

J’ai mis en « gras » pour être certain que vous puissiez bien voir. 

Joseph Felsenstein, l’un des fondateurs modernes de l’inférence phylogénétique, écrit :“Phylogenetic methods reconstruct relationships among sequences or taxa ; they do not determine what those entities fundamentally are.”

... «  Les méthodes phylogénétiques reconstruisent des relations, pas la nature ontologique des entités comparées. »

https://global.oup.com/academic/product/inferring-phylogenies-9780878931774?cc=ch&lang=en&

La phylogénie suppose l’existence préalable des objets comparés ! 
“Phylogenetic inference presupposes that the units being compared are real and comparable ; it does not establish their reality.”
https://academic.oup.com/sysbio/article-abstract/42/3/231/1629463